空美野市にある喫茶店、朽葉珈琲店に、女子高生・佐原メダカは居候中の身。朽葉珈琲店の娘・朽葉コノコに起こされて、今日もメダカは空美野財団で運営している、空美野学園へ登校する。
　メダカはわけもわからぬまま、攻撃を受ける。そこで「病《ディスオーダー》」という異能力があることを、メダカは知る。
　ここが空美野研究所の〈コールドスリープ病棟〉から開放されると同時に編入させられる学園であることを、メダカは聞かされる。空美野市にある空美野家の空美野研究所が〈コールドスリープ病棟〉を所持している。空美野家の本家筋の〈お姫さま〉であるのが、メダカやコノコの友人である空美野涙子だ。
　突然起こる、〈犬神博士〉の術式を学園内で使うという異能力事件。犬神博士の神通力で自分の〈ディスオーダー〉能力にバフをかければ〈使える能力者〉になれるらしい。では、一体誰がなんのためにそんなことをするのか。巻き込まれたメダカたちは警察が介入する前に事件を解決出来るのか。