都市に突然謎のダンジョンが現れ、多くの人々がその周辺で行方不明となった。真相を調査し失踪した人々を救うため、街を守る正義の変身ヒロイン——聖幻仮面姫・オーロラ・クリスタルは、仲間のクロエと共にダンジョンの探索に乗り出す。初期調査の後、クリスタルは奇妙なコアマシンを発見し、それを撃破する。すると、少女のホログラムが現れる。

その少女はマシと名乗り、クリスタルにダンジョン出現の経緯を説明し、全てのコアマシンを倒した上でダンジョン最深部のコア端末を破壊しなければ、真の元凶を倒すことはできないと伝える。マシはクリスタルにドゥルーグの野望を阻止してほしいと頼み、クリスタルは快くその依頼を引き受けた。

クリスタルはマシの導きのもと、分散したコアマシンを次々に破壊し、ダンジョン最深部へと続く道を切り拓く。その過程で、マシとの会話を通じて彼女たちの過去を徐々に知っていき、事件の全容を理解したクリスタルは、ついにダンジョンの真の黒幕と対峙することになる……